有一天，冲绳附近的海域出现了一种奇怪的生物。 “它”的外形类似于棘冠海星，它的毒液会伤害渔民，并迅速蔓延到整个日本。这是怪物达嘎拉 (Dagahra) 复活的预兆，达嘎拉是由传说中的古代文明 Nirai Kanai 创造的，作为解决环境污染的生物净化系统，但它失去了控制，最终导致了 Nirai Kanai 的灭亡。埃利亚斯姐妹察觉到地球危机，飞到石垣岛，那里出现了一只名叫 Gogo 的小生物，它来自 Nirai Kanai。大陆的盗猎者从 Gogo 尾巴上的装饰环得知那里有宝藏，一些当地女孩收养了 Gogo。艾利亚斯姐妹知道“尼莱卡奈遗迹中藏有可以打败达加拉的宝藏”的传说。少女们、艾利亚斯姐妹以及与姐妹们发生冲突的偷猎者兼黑仙女贝尔贝拉结成团队出海。在Gogo的引导下，Nirai Kanai的金字塔遗址从海中浮现出来。然而，当她们寻找宝藏时，达嘎拉降临石垣岛并开始肆虐，于是伊莱亚斯姐妹召唤了摩斯拉与他战斗。达嘎拉与魔斯拉在从石垣岛到西表岛的空中展开了战斗，之后又在金字塔遗址附近展开了海底战斗，魔斯拉被擅长海战的达嘎拉拖入海中。然后，达嘎拉将“它”——无数的贝伦——附着在魔斯拉身上，使她无法战斗。埃利亚斯拼命想要除掉附着在魔斯拉身上的贝伦，但是贝伦数量实在太多，根本无法除掉。摩斯拉陷入绝境，寻找宝藏已成当务之急。逃离遗迹中的陷阱后，少女们和偷猎者到达了一个大厅，那里有一幅 Nirai Kanai 公主的三维图像，告诉她们 Gogo 已经选择了少女 Shiori 作为宝藏的主人。然而，达嘎拉攻击了金字塔！金字塔倒塌后，魔斯拉能够利用戈戈的“生命之水”的力量去除附身于她的贝伦，她变成了彩虹魔斯拉，力量更加强大，并再次与达嘎拉战斗。形势已经和之前完全不同了，现在是摩斯拉占了上风。当达嘎拉再次潜入海中时，魔斯拉化身为水之魔斯拉，战斗转移到了海底。魔斯拉用屏障抵挡达加拉的攻击，并对达加拉发动强大的攻击。随后他化作分身形态，从达加拉体内发起攻击，一路击败了贝伦，最终导致达加拉坠落，并与金字塔一起消失。魔斯拉脱离海面之后，变回了原来的样子——彩虹魔斯拉，回到了婴儿岛，危机结束。由导演三好邦夫执导，1997年上映的《摩斯拉2 海底大决战》，是由小林恵,山口紗弥加,羽野晶紀,満島ひかり,野波麻帆等主演的科幻片。
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